淨化水晶是打理水晶的重要一環，因水晶獨有吸納訊息及情緒的能力，令它成為了一塊能影響運情、健康及情緒的寶石。
但也因此，不同的人接觸過後可能會留下好的或是不好的磁場。所以，為免受不明來歷的人影響自身的磁場，水晶買回來後，都一定要清洗的。
除此以外，水晶也會吸收你的負能量，當儲存了一定的負能量，水晶會變得暗淡，混濁。定期清洗水晶，可以消除儲存在水晶內的負能量，以及保持水晶能量的發揮和效用，淨化也能使水晶越來越晶瑩剔透。
水晶的能量可助啓發潛能、改運及趨吉避凶。它所擁有的磁場，能有效地吸納、釋放、儲存記憶。佩帶新買回來的水晶之前，須為它消磁淨化，排走水晶中的負能量。經過淨化之後，便可開始啟動水晶，輸入正面訊息。以下是一些常見的水晶消磁法：

方法一
白水晶淨化：
將水晶放在白晶簇或晶柱上，清除水晶的不良氣場，這是一個淨化水晶最簡單的方法。建議睡前都將自己心愛的水晶清洗後放上晶簇或和放一邊。

方法二
閃靈鑽淨化：
先將閃靈鑽放進水裡，待15分鐘，讓閃靈鑽把水注滿能量，再將需清洗的水晶放進水裡約10-30分鐘便可，以閃靈鑽的強大能量為水晶作深層淨化。（閃靈鑽數量視乎水晶體積大小，數量等而定。）
方法三
日光照射法：
把水晶礦石清洗後放在窗檯邊，讓陽光照射半小時至一小時就夠了。